Code

Merge branch 'nf/maint-fix-index-ext-len-on-be64' into maint
authorJunio C Hamano <gitster@pobox.com>
Sun, 27 Dec 2009 18:42:00 +0000 (10:42 -0800)
committerJunio C Hamano <gitster@pobox.com>
Sun, 27 Dec 2009 18:42:00 +0000 (10:42 -0800)
* nf/maint-fix-index-ext-len-on-be64:
  read_index(): fix reading extension size on BE 64-bit archs

1  2 
read-cache.c

diff --combined read-cache.c
index 1bbaf1cffba3058667787fc4a267b87e21a6cad3,053bcf19167ccc8b1d04365da244bc0b358831fe..9033dd3ab938e2ee7b4248ff97645414ee3688db
@@@ -8,12 -8,6 +8,12 @@@
  #include "cache-tree.h"
  #include "refs.h"
  #include "dir.h"
 +#include "tree.h"
 +#include "commit.h"
 +#include "diff.h"
 +#include "diffcore.h"
 +#include "revision.h"
 +#include "blob.h"
  
  /* Index extensions.
   *
  
  struct index_state the_index;
  
 +static void set_index_entry(struct index_state *istate, int nr, struct cache_entry *ce)
 +{
 +      istate->cache[nr] = ce;
 +      add_name_hash(istate, ce);
 +}
 +
 +static void replace_index_entry(struct index_state *istate, int nr, struct cache_entry *ce)
 +{
 +      struct cache_entry *old = istate->cache[nr];
 +
 +      remove_name_hash(old);
 +      set_index_entry(istate, nr, ce);
 +      istate->cache_changed = 1;
 +}
 +
 +void rename_index_entry_at(struct index_state *istate, int nr, const char *new_name)
 +{
 +      struct cache_entry *old = istate->cache[nr], *new;
 +      int namelen = strlen(new_name);
 +
 +      new = xmalloc(cache_entry_size(namelen));
 +      copy_cache_entry(new, old);
 +      new->ce_flags &= ~(CE_STATE_MASK | CE_NAMEMASK);
 +      new->ce_flags |= (namelen >= CE_NAMEMASK ? CE_NAMEMASK : namelen);
 +      memcpy(new->name, new_name, namelen + 1);
 +
 +      cache_tree_invalidate_path(istate->cache_tree, old->name);
 +      remove_index_entry_at(istate, nr);
 +      add_index_entry(istate, new, ADD_CACHE_OK_TO_ADD|ADD_CACHE_OK_TO_REPLACE);
 +}
 +
  /*
   * This only updates the "non-critical" parts of the directory
   * cache, ie the parts that aren't tracked by GIT, and only used
   */
  void fill_stat_cache_info(struct cache_entry *ce, struct stat *st)
  {
 -      ce->ce_ctime = st->st_ctime;
 -      ce->ce_mtime = st->st_mtime;
 +      ce->ce_ctime.sec = (unsigned int)st->st_ctime;
 +      ce->ce_mtime.sec = (unsigned int)st->st_mtime;
 +      ce->ce_ctime.nsec = ST_CTIME_NSEC(*st);
 +      ce->ce_mtime.nsec = ST_MTIME_NSEC(*st);
        ce->ce_dev = st->st_dev;
        ce->ce_ino = st->st_ino;
        ce->ce_uid = st->st_uid;
@@@ -79,9 -40,6 +79,9 @@@
  
        if (assume_unchanged)
                ce->ce_flags |= CE_VALID;
 +
 +      if (S_ISREG(st->st_mode))
 +              ce_mark_uptodate(ce);
  }
  
  static int ce_compare_data(struct cache_entry *ce, struct stat *st)
  static int ce_compare_link(struct cache_entry *ce, size_t expected_size)
  {
        int match = -1;
 -      char *target;
        void *buffer;
        unsigned long size;
        enum object_type type;
 -      int len;
 +      struct strbuf sb = STRBUF_INIT;
  
 -      target = xmalloc(expected_size);
 -      len = readlink(ce->name, target, expected_size);
 -      if (len != expected_size) {
 -              free(target);
 +      if (strbuf_readlink(&sb, ce->name, expected_size))
                return -1;
 -      }
 +
        buffer = read_sha1_file(ce->sha1, &type, &size);
 -      if (!buffer) {
 -              free(target);
 -              return -1;
 +      if (buffer) {
 +              if (size == sb.len)
 +                      match = memcmp(buffer, sb.buf, size);
 +              free(buffer);
        }
 -      if (size == expected_size)
 -              match = memcmp(buffer, target, size);
 -      free(buffer);
 -      free(target);
 +      strbuf_release(&sb);
        return match;
  }
  
@@@ -149,23 -113,13 +149,23 @@@ static int ce_modified_check_fs(struct 
                break;
        case S_IFDIR:
                if (S_ISGITLINK(ce->ce_mode))
 -                      return 0;
 +                      return ce_compare_gitlink(ce) ? DATA_CHANGED : 0;
        default:
                return TYPE_CHANGED;
        }
        return 0;
  }
  
 +int is_empty_blob_sha1(const unsigned char *sha1)
 +{
 +      static const unsigned char empty_blob_sha1[20] = {
 +              0xe6,0x9d,0xe2,0x9b,0xb2,0xd1,0xd6,0x43,0x4b,0x8b,
 +              0x29,0xae,0x77,0x5a,0xd8,0xc2,0xe4,0x8c,0x53,0x91
 +      };
 +
 +      return !hashcmp(sha1, empty_blob_sha1);
 +}
 +
  static int ce_match_stat_basic(struct cache_entry *ce, struct stat *st)
  {
        unsigned int changed = 0;
                        changed |= TYPE_CHANGED;
                break;
        case S_IFGITLINK:
 +              /* We ignore most of the st_xxx fields for gitlinks */
                if (!S_ISDIR(st->st_mode))
                        changed |= TYPE_CHANGED;
                else if (ce_compare_gitlink(ce))
        default:
                die("internal error: ce_mode is %o", ce->ce_mode);
        }
 -      if (ce->ce_mtime != (unsigned int) st->st_mtime)
 +      if (ce->ce_mtime.sec != (unsigned int)st->st_mtime)
                changed |= MTIME_CHANGED;
 -      if (ce->ce_ctime != (unsigned int) st->st_ctime)
 +      if (trust_ctime && ce->ce_ctime.sec != (unsigned int)st->st_ctime)
                changed |= CTIME_CHANGED;
  
 +#ifdef USE_NSEC
 +      if (ce->ce_mtime.nsec != ST_MTIME_NSEC(*st))
 +              changed |= MTIME_CHANGED;
 +      if (trust_ctime && ce->ce_ctime.nsec != ST_CTIME_NSEC(*st))
 +              changed |= CTIME_CHANGED;
 +#endif
 +
        if (ce->ce_uid != (unsigned int) st->st_uid ||
            ce->ce_gid != (unsigned int) st->st_gid)
                changed |= OWNER_CHANGED;
        if (ce->ce_size != (unsigned int) st->st_size)
                changed |= DATA_CHANGED;
  
 +      /* Racily smudged entry? */
 +      if (!ce->ce_size) {
 +              if (!is_empty_blob_sha1(ce->sha1))
 +                      changed |= DATA_CHANGED;
 +      }
 +
        return changed;
  }
  
 -int ie_match_stat(struct index_state *istate,
 +static int is_racy_timestamp(const struct index_state *istate, struct cache_entry *ce)
 +{
 +      return (!S_ISGITLINK(ce->ce_mode) &&
 +              istate->timestamp.sec &&
 +#ifdef USE_NSEC
 +               /* nanosecond timestamped files can also be racy! */
 +              (istate->timestamp.sec < ce->ce_mtime.sec ||
 +               (istate->timestamp.sec == ce->ce_mtime.sec &&
 +                istate->timestamp.nsec <= ce->ce_mtime.nsec))
 +#else
 +              istate->timestamp.sec <= ce->ce_mtime.sec
 +#endif
 +               );
 +}
 +
 +int ie_match_stat(const struct index_state *istate,
                  struct cache_entry *ce, struct stat *st,
                  unsigned int options)
  {
        if (!ignore_valid && (ce->ce_flags & CE_VALID))
                return 0;
  
 +      /*
 +       * Intent-to-add entries have not been added, so the index entry
 +       * by definition never matches what is in the work tree until it
 +       * actually gets added.
 +       */
 +      if (ce->ce_flags & CE_INTENT_TO_ADD)
 +              return DATA_CHANGED | TYPE_CHANGED | MODE_CHANGED;
 +
        changed = ce_match_stat_basic(ce, st);
  
        /*
         * whose mtime are the same as the index file timestamp more
         * carefully than others.
         */
 -      if (!changed &&
 -          istate->timestamp &&
 -          istate->timestamp <= ce->ce_mtime) {
 +      if (!changed && is_racy_timestamp(istate, ce)) {
                if (assume_racy_is_modified)
                        changed |= DATA_CHANGED;
                else
        return changed;
  }
  
 -int ie_modified(struct index_state *istate,
 +int ie_modified(const struct index_state *istate,
                struct cache_entry *ce, struct stat *st, unsigned int options)
  {
        int changed, changed_fs;
        if (changed & (MODE_CHANGED | TYPE_CHANGED))
                return changed;
  
 -      /* Immediately after read-tree or update-index --cacheinfo,
 -       * the length field is zero.  For other cases the ce_size
 -       * should match the SHA1 recorded in the index entry.
 +      /*
 +       * Immediately after read-tree or update-index --cacheinfo,
 +       * the length field is zero, as we have never even read the
 +       * lstat(2) information once, and we cannot trust DATA_CHANGED
 +       * returned by ie_match_stat() which in turn was returned by
 +       * ce_match_stat_basic() to signal that the filesize of the
 +       * blob changed.  We have to actually go to the filesystem to
 +       * see if the contents match, and if so, should answer "unchanged".
 +       *
 +       * The logic does not apply to gitlinks, as ce_match_stat_basic()
 +       * already has checked the actual HEAD from the filesystem in the
 +       * subproject.  If ie_match_stat() already said it is different,
 +       * then we know it is.
         */
 -      if ((changed & DATA_CHANGED) && ce->ce_size != 0)
 +      if ((changed & DATA_CHANGED) &&
 +          (S_ISGITLINK(ce->ce_mode) || ce->ce_size != 0))
                return changed;
  
        changed_fs = ce_modified_check_fs(ce, st);
@@@ -362,41 -270,6 +362,41 @@@ int base_name_compare(const char *name1
        return (c1 < c2) ? -1 : (c1 > c2) ? 1 : 0;
  }
  
 +/*
 + * df_name_compare() is identical to base_name_compare(), except it
 + * compares conflicting directory/file entries as equal. Note that
 + * while a directory name compares as equal to a regular file, they
 + * then individually compare _differently_ to a filename that has
 + * a dot after the basename (because '\0' < '.' < '/').
 + *
 + * This is used by routines that want to traverse the git namespace
 + * but then handle conflicting entries together when possible.
 + */
 +int df_name_compare(const char *name1, int len1, int mode1,
 +                  const char *name2, int len2, int mode2)
 +{
 +      int len = len1 < len2 ? len1 : len2, cmp;
 +      unsigned char c1, c2;
 +
 +      cmp = memcmp(name1, name2, len);
 +      if (cmp)
 +              return cmp;
 +      /* Directories and files compare equal (same length, same name) */
 +      if (len1 == len2)
 +              return 0;
 +      c1 = name1[len];
 +      if (!c1 && S_ISDIR(mode1))
 +              c1 = '/';
 +      c2 = name2[len];
 +      if (!c2 && S_ISDIR(mode2))
 +              c2 = '/';
 +      if (c1 == '/' && !c2)
 +              return 0;
 +      if (c2 == '/' && !c1)
 +              return 0;
 +      return c1 - c2;
 +}
 +
  int cache_name_compare(const char *name1, int flags1, const char *name2, int flags2)
  {
        int len1 = flags1 & CE_NAMEMASK;
        return 0;
  }
  
 -int index_name_pos(struct index_state *istate, const char *name, int namelen)
 +int index_name_pos(const struct index_state *istate, const char *name, int namelen)
  {
        int first, last;
  
  /* Remove entry, return true if there are more entries to go.. */
  int remove_index_entry_at(struct index_state *istate, int pos)
  {
 +      struct cache_entry *ce = istate->cache[pos];
 +
 +      remove_name_hash(ce);
        istate->cache_changed = 1;
        istate->cache_nr--;
        if (pos >= istate->cache_nr)
        return 1;
  }
  
 +/*
 + * Remove all cache ententries marked for removal, that is where
 + * CE_REMOVE is set in ce_flags.  This is much more effective than
 + * calling remove_index_entry_at() for each entry to be removed.
 + */
 +void remove_marked_cache_entries(struct index_state *istate)
 +{
 +      struct cache_entry **ce_array = istate->cache;
 +      unsigned int i, j;
 +
 +      for (i = j = 0; i < istate->cache_nr; i++) {
 +              if (ce_array[i]->ce_flags & CE_REMOVE)
 +                      remove_name_hash(ce_array[i]);
 +              else
 +                      ce_array[j++] = ce_array[i];
 +      }
 +      istate->cache_changed = 1;
 +      istate->cache_nr = j;
 +}
 +
  int remove_file_from_index(struct index_state *istate, const char *path)
  {
        int pos = index_name_pos(istate, path, strlen(path));
@@@ -519,63 -369,21 +519,63 @@@ static int index_name_pos_also_unmerged
        return pos;
  }
  
 -int add_file_to_index(struct index_state *istate, const char *path, int verbose)
 +static int different_name(struct cache_entry *ce, struct cache_entry *alias)
  {
 -      int size, namelen, pos;
 -      struct stat st;
 -      struct cache_entry *ce;
 -      unsigned ce_option = CE_MATCH_IGNORE_VALID|CE_MATCH_RACY_IS_DIRTY;
 +      int len = ce_namelen(ce);
 +      return ce_namelen(alias) != len || memcmp(ce->name, alias->name, len);
 +}
  
 -      if (lstat(path, &st))
 -              die("%s: unable to stat (%s)", path, strerror(errno));
 +/*
 + * If we add a filename that aliases in the cache, we will use the
 + * name that we already have - but we don't want to update the same
 + * alias twice, because that implies that there were actually two
 + * different files with aliasing names!
 + *
 + * So we use the CE_ADDED flag to verify that the alias was an old
 + * one before we accept it as
 + */
 +static struct cache_entry *create_alias_ce(struct cache_entry *ce, struct cache_entry *alias)
 +{
 +      int len;
 +      struct cache_entry *new;
 +
 +      if (alias->ce_flags & CE_ADDED)
 +              die("Will not add file alias '%s' ('%s' already exists in index)", ce->name, alias->name);
 +
 +      /* Ok, create the new entry using the name of the existing alias */
 +      len = ce_namelen(alias);
 +      new = xcalloc(1, cache_entry_size(len));
 +      memcpy(new->name, alias->name, len);
 +      copy_cache_entry(new, ce);
 +      free(ce);
 +      return new;
 +}
  
 -      if (!S_ISREG(st.st_mode) && !S_ISLNK(st.st_mode) && !S_ISDIR(st.st_mode))
 -              die("%s: can only add regular files, symbolic links or git-directories", path);
 +static void record_intent_to_add(struct cache_entry *ce)
 +{
 +      unsigned char sha1[20];
 +      if (write_sha1_file("", 0, blob_type, sha1))
 +              die("cannot create an empty blob in the object database");
 +      hashcpy(ce->sha1, sha1);
 +}
 +
 +int add_to_index(struct index_state *istate, const char *path, struct stat *st, int flags)
 +{
 +      int size, namelen, was_same;
 +      mode_t st_mode = st->st_mode;
 +      struct cache_entry *ce, *alias;
 +      unsigned ce_option = CE_MATCH_IGNORE_VALID|CE_MATCH_RACY_IS_DIRTY;
 +      int verbose = flags & (ADD_CACHE_VERBOSE | ADD_CACHE_PRETEND);
 +      int pretend = flags & ADD_CACHE_PRETEND;
 +      int intent_only = flags & ADD_CACHE_INTENT;
 +      int add_option = (ADD_CACHE_OK_TO_ADD|ADD_CACHE_OK_TO_REPLACE|
 +                        (intent_only ? ADD_CACHE_NEW_ONLY : 0));
 +
 +      if (!S_ISREG(st_mode) && !S_ISLNK(st_mode) && !S_ISDIR(st_mode))
 +              return error("%s: can only add regular files, symbolic links or git-directories", path);
  
        namelen = strlen(path);
 -      if (S_ISDIR(st.st_mode)) {
 +      if (S_ISDIR(st_mode)) {
                while (namelen && path[namelen-1] == '/')
                        namelen--;
        }
        ce = xcalloc(1, size);
        memcpy(ce->name, path, namelen);
        ce->ce_flags = namelen;
 -      fill_stat_cache_info(ce, &st);
 +      if (!intent_only)
 +              fill_stat_cache_info(ce, st);
 +      else
 +              ce->ce_flags |= CE_INTENT_TO_ADD;
  
        if (trust_executable_bit && has_symlinks)
 -              ce->ce_mode = create_ce_mode(st.st_mode);
 +              ce->ce_mode = create_ce_mode(st_mode);
        else {
                /* If there is an existing entry, pick the mode bits and type
                 * from it, otherwise assume unexecutable regular file.
                int pos = index_name_pos_also_unmerged(istate, path, namelen);
  
                ent = (0 <= pos) ? istate->cache[pos] : NULL;
 -              ce->ce_mode = ce_mode_from_stat(ent, st.st_mode);
 +              ce->ce_mode = ce_mode_from_stat(ent, st_mode);
        }
  
 -      pos = index_name_pos(istate, ce->name, namelen);
 -      if (0 <= pos &&
 -          !ce_stage(istate->cache[pos]) &&
 -          !ie_match_stat(istate, istate->cache[pos], &st, ce_option)) {
 +      alias = index_name_exists(istate, ce->name, ce_namelen(ce), ignore_case);
 +      if (alias && !ce_stage(alias) && !ie_match_stat(istate, alias, st, ce_option)) {
                /* Nothing changed, really */
                free(ce);
 +              ce_mark_uptodate(alias);
 +              alias->ce_flags |= CE_ADDED;
                return 0;
        }
 -
 -      if (index_path(ce->sha1, path, &st, 1))
 -              die("unable to index file %s", path);
 -      if (add_index_entry(istate, ce, ADD_CACHE_OK_TO_ADD|ADD_CACHE_OK_TO_REPLACE))
 -              die("unable to add %s to index",path);
 -      if (verbose)
 +      if (!intent_only) {
 +              if (index_path(ce->sha1, path, st, 1))
 +                      return error("unable to index file %s", path);
 +      } else
 +              record_intent_to_add(ce);
 +
 +      if (ignore_case && alias && different_name(ce, alias))
 +              ce = create_alias_ce(ce, alias);
 +      ce->ce_flags |= CE_ADDED;
 +
 +      /* It was suspected to be racily clean, but it turns out to be Ok */
 +      was_same = (alias &&
 +                  !ce_stage(alias) &&
 +                  !hashcmp(alias->sha1, ce->sha1) &&
 +                  ce->ce_mode == alias->ce_mode);
 +
 +      if (pretend)
 +              ;
 +      else if (add_index_entry(istate, ce, add_option))
 +              return error("unable to add %s to index",path);
 +      if (verbose && !was_same)
                printf("add '%s'\n", path);
        return 0;
  }
  
 +int add_file_to_index(struct index_state *istate, const char *path, int flags)
 +{
 +      struct stat st;
 +      if (lstat(path, &st))
 +              die_errno("unable to stat '%s'", path);
 +      return add_to_index(istate, path, &st, flags);
 +}
 +
  struct cache_entry *make_cache_entry(unsigned int mode,
                const unsigned char *sha1, const char *path, int stage,
                int refresh)
        int size, len;
        struct cache_entry *ce;
  
 -      if (!verify_path(path))
 +      if (!verify_path(path)) {
 +              error("Invalid path '%s'", path);
                return NULL;
 +      }
  
        len = strlen(path);
        size = cache_entry_size(len);
@@@ -831,7 -611,7 +831,7 @@@ static int has_dir_name(struct index_st
                         * it is Ok to have a directory at the same
                         * path.
                         */
 -                      if (stage || istate->cache[pos]->ce_mode) {
 +                      if (!(istate->cache[pos]->ce_flags & CE_REMOVE)) {
                                retval = -1;
                                if (!ok_to_replace)
                                        break;
                            (p->name[len] != '/') ||
                            memcmp(p->name, name, len))
                                break; /* not our subdirectory */
 -                      if (ce_stage(p) == stage && (stage || p->ce_mode))
 -                              /* p is at the same stage as our entry, and
 +                      if (ce_stage(p) == stage && !(p->ce_flags & CE_REMOVE))
 +                              /*
 +                               * p is at the same stage as our entry, and
                                 * is a subdirectory of what we are looking
                                 * at, so we cannot have conflicts at our
                                 * level or anything shorter.
@@@ -908,15 -687,14 +908,15 @@@ static int add_index_entry_with_check(s
        int ok_to_add = option & ADD_CACHE_OK_TO_ADD;
        int ok_to_replace = option & ADD_CACHE_OK_TO_REPLACE;
        int skip_df_check = option & ADD_CACHE_SKIP_DFCHECK;
 +      int new_only = option & ADD_CACHE_NEW_ONLY;
  
        cache_tree_invalidate_path(istate->cache_tree, ce->name);
        pos = index_name_pos(istate, ce->name, ce->ce_flags);
  
        /* existing match? Just replace it. */
        if (pos >= 0) {
 -              istate->cache_changed = 1;
 -              istate->cache[pos] = ce;
 +              if (!new_only)
 +                      replace_index_entry(istate, pos, ce);
                return 0;
        }
        pos = -pos-1;
        if (!ok_to_add)
                return -1;
        if (!verify_path(ce->name))
 -              return -1;
 +              return error("Invalid path '%s'", ce->name);
  
        if (!skip_df_check &&
            check_file_directory_conflict(istate, ce, pos, ok_to_replace)) {
@@@ -976,7 -754,7 +976,7 @@@ int add_index_entry(struct index_state 
                memmove(istate->cache + pos + 1,
                        istate->cache + pos,
                        (istate->cache_nr - pos - 1) * sizeof(ce));
 -      istate->cache[pos] = ce;
 +      set_index_entry(istate, pos, ce);
        istate->cache_changed = 1;
        return 0;
  }
@@@ -1001,18 -779,6 +1001,18 @@@ static struct cache_entry *refresh_cach
        int changed, size;
        int ignore_valid = options & CE_MATCH_IGNORE_VALID;
  
 +      if (ce_uptodate(ce))
 +              return ce;
 +
 +      /*
 +       * CE_VALID means the user promised us that the change to
 +       * the work tree does not matter and told us not to worry.
 +       */
 +      if (!ignore_valid && (ce->ce_flags & CE_VALID)) {
 +              ce_mark_uptodate(ce);
 +              return ce;
 +      }
 +
        if (lstat(ce->name, &st) < 0) {
                if (err)
                        *err = errno;
                if (ignore_valid && assume_unchanged &&
                    !(ce->ce_flags & CE_VALID))
                        ; /* mark this one VALID again */
 -              else
 +              else {
 +                      /*
 +                       * We do not mark the index itself "modified"
 +                       * because CE_UPTODATE flag is in-core only;
 +                       * we are not going to write this change out.
 +                       */
 +                      ce_mark_uptodate(ce);
                        return ce;
 +              }
        }
  
        if (ie_modified(istate, ce, &st, options)) {
        return updated;
  }
  
 -int refresh_index(struct index_state *istate, unsigned int flags, const char **pathspec, char *seen)
 +static void show_file(const char * fmt, const char * name, int in_porcelain,
 +                    int * first, char *header_msg)
 +{
 +      if (in_porcelain && *first && header_msg) {
 +              printf("%s\n", header_msg);
 +              *first=0;
 +      }
 +      printf(fmt, name);
 +}
 +
 +int refresh_index(struct index_state *istate, unsigned int flags, const char **pathspec,
 +                char *seen, char *header_msg)
  {
        int i;
        int has_errors = 0;
        int allow_unmerged = (flags & REFRESH_UNMERGED) != 0;
        int quiet = (flags & REFRESH_QUIET) != 0;
        int not_new = (flags & REFRESH_IGNORE_MISSING) != 0;
 +      int ignore_submodules = (flags & REFRESH_IGNORE_SUBMODULES) != 0;
 +      int first = 1;
 +      int in_porcelain = (flags & REFRESH_IN_PORCELAIN);
        unsigned int options = really ? CE_MATCH_IGNORE_VALID : 0;
 +      const char *needs_update_fmt;
 +      const char *needs_merge_fmt;
  
 +      needs_update_fmt = (in_porcelain ? "M\t%s\n" : "%s: needs update\n");
 +      needs_merge_fmt = (in_porcelain ? "U\t%s\n" : "%s: needs merge\n");
        for (i = 0; i < istate->cache_nr; i++) {
                struct cache_entry *ce, *new;
                int cache_errno = 0;
  
                ce = istate->cache[i];
 +              if (ignore_submodules && S_ISGITLINK(ce->ce_mode))
 +                      continue;
 +
                if (ce_stage(ce)) {
                        while ((i < istate->cache_nr) &&
                               ! strcmp(istate->cache[i]->name, ce->name))
                        i--;
                        if (allow_unmerged)
                                continue;
 -                      printf("%s: needs merge\n", ce->name);
 +                      show_file(needs_merge_fmt, ce->name, in_porcelain, &first, header_msg);
                        has_errors = 1;
                        continue;
                }
                        }
                        if (quiet)
                                continue;
 -                      printf("%s: needs update\n", ce->name);
 +                      show_file(needs_update_fmt, ce->name, in_porcelain, &first, header_msg);
                        has_errors = 1;
                        continue;
                }
 -              istate->cache_changed = 1;
 -              /* You can NOT just free istate->cache[i] here, since it
 -               * might not be necessarily malloc()ed but can also come
 -               * from mmap(). */
 -              istate->cache[i] = new;
 +
 +              replace_index_entry(istate, i, new);
        }
        return has_errors;
  }
@@@ -1148,16 -889,16 +1148,16 @@@ struct cache_entry *refresh_cache_entry
  
  static int verify_hdr(struct cache_header *hdr, unsigned long size)
  {
 -      SHA_CTX c;
 +      git_SHA_CTX c;
        unsigned char sha1[20];
  
        if (hdr->hdr_signature != htonl(CACHE_SIGNATURE))
                return error("bad signature");
 -      if (hdr->hdr_version != htonl(2))
 +      if (hdr->hdr_version != htonl(2) && hdr->hdr_version != htonl(3))
                return error("bad index version");
 -      SHA1_Init(&c);
 -      SHA1_Update(&c, hdr, size - 20);
 -      SHA1_Final(sha1, &c);
 +      git_SHA1_Init(&c);
 +      git_SHA1_Update(&c, hdr, size - 20);
 +      git_SHA1_Final(sha1, &c);
        if (hashcmp(sha1, (unsigned char *)hdr + size - 20))
                return error("bad index file sha1 signature");
        return 0;
@@@ -1187,13 -928,8 +1187,13 @@@ int read_index(struct index_state *ista
  
  static void convert_from_disk(struct ondisk_cache_entry *ondisk, struct cache_entry *ce)
  {
 -      ce->ce_ctime = ntohl(ondisk->ctime.sec);
 -      ce->ce_mtime = ntohl(ondisk->mtime.sec);
 +      size_t len;
 +      const char *name;
 +
 +      ce->ce_ctime.sec = ntohl(ondisk->ctime.sec);
 +      ce->ce_mtime.sec = ntohl(ondisk->mtime.sec);
 +      ce->ce_ctime.nsec = ntohl(ondisk->ctime.nsec);
 +      ce->ce_mtime.nsec = ntohl(ondisk->mtime.nsec);
        ce->ce_dev   = ntohl(ondisk->dev);
        ce->ce_ino   = ntohl(ondisk->ino);
        ce->ce_mode  = ntohl(ondisk->mode);
        ce->ce_size  = ntohl(ondisk->size);
        /* On-disk flags are just 16 bits */
        ce->ce_flags = ntohs(ondisk->flags);
 +
        hashcpy(ce->sha1, ondisk->sha1);
 -      memcpy(ce->name, ondisk->name, ce_namelen(ce)+1);
 +
 +      len = ce->ce_flags & CE_NAMEMASK;
 +
 +      if (ce->ce_flags & CE_EXTENDED) {
 +              struct ondisk_cache_entry_extended *ondisk2;
 +              int extended_flags;
 +              ondisk2 = (struct ondisk_cache_entry_extended *)ondisk;
 +              extended_flags = ntohs(ondisk2->flags2) << 16;
 +              /* We do not yet understand any bit out of CE_EXTENDED_FLAGS */
 +              if (extended_flags & ~CE_EXTENDED_FLAGS)
 +                      die("Unknown index entry format %08x", extended_flags);
 +              ce->ce_flags |= extended_flags;
 +              name = ondisk2->name;
 +      }
 +      else
 +              name = ondisk->name;
 +
 +      if (len == CE_NAMEMASK)
 +              len = strlen(name);
 +      /*
 +       * NEEDSWORK: If the original index is crafted, this copy could
 +       * go unchecked.
 +       */
 +      memcpy(ce->name, name, len + 1);
 +}
 +
 +static inline size_t estimate_cache_size(size_t ondisk_size, unsigned int entries)
 +{
 +      long per_entry;
 +
 +      per_entry = sizeof(struct cache_entry) - sizeof(struct ondisk_cache_entry);
 +
 +      /*
 +       * Alignment can cause differences. This should be "alignof", but
 +       * since that's a gcc'ism, just use the size of a pointer.
 +       */
 +      per_entry += sizeof(void *);
 +      return ondisk_size + entries*per_entry;
  }
  
  /* remember to discard_cache() before reading a different cache! */
@@@ -1255,21 -953,20 +1255,21 @@@ int read_index_from(struct index_state 
        size_t mmap_size;
  
        errno = EBUSY;
 -      if (istate->alloc)
 +      if (istate->initialized)
                return istate->cache_nr;
  
        errno = ENOENT;
 -      istate->timestamp = 0;
 +      istate->timestamp.sec = 0;
 +      istate->timestamp.nsec = 0;
        fd = open(path, O_RDONLY);
        if (fd < 0) {
                if (errno == ENOENT)
                        return 0;
 -              die("index file open failed (%s)", strerror(errno));
 +              die_errno("index file open failed");
        }
  
        if (fstat(fd, &st))
 -              die("cannot stat the open index (%s)", strerror(errno));
 +              die_errno("cannot stat the open index");
  
        errno = EINVAL;
        mmap_size = xsize_t(st.st_size);
        mmap = xmmap(NULL, mmap_size, PROT_READ | PROT_WRITE, MAP_PRIVATE, fd, 0);
        close(fd);
        if (mmap == MAP_FAILED)
 -              die("unable to map index file");
 +              die_errno("unable to map index file");
  
        hdr = mmap;
        if (verify_hdr(hdr, mmap_size) < 0)
         * has room for a few  more flags, we can allocate using the same
         * index size
         */
 -      istate->alloc = xmalloc(mmap_size);
 +      istate->alloc = xmalloc(estimate_cache_size(mmap_size, istate->cache_nr));
 +      istate->initialized = 1;
  
        src_offset = sizeof(*hdr);
        dst_offset = 0;
                disk_ce = (struct ondisk_cache_entry *)((char *)mmap + src_offset);
                ce = (struct cache_entry *)((char *)istate->alloc + dst_offset);
                convert_from_disk(disk_ce, ce);
 -              istate->cache[i] = ce;
 +              set_index_entry(istate, i, ce);
  
                src_offset += ondisk_ce_size(ce);
                dst_offset += ce_size(ce);
        }
 -      istate->timestamp = st.st_mtime;
 +      istate->timestamp.sec = st.st_mtime;
 +      istate->timestamp.nsec = ST_MTIME_NSEC(st);
 +
        while (src_offset <= mmap_size - 20 - 8) {
                /* After an array of active_nr index entries,
                 * there can be arbitrary number of extended
                 * extension name (4-byte) and section length
                 * in 4-byte network byte order.
                 */
-               unsigned long extsize;
+               uint32_t extsize;
                memcpy(&extsize, (char *)mmap + src_offset + 4, 4);
                extsize = ntohl(extsize);
                if (read_index_extension(istate,
@@@ -1342,47 -1036,28 +1342,47 @@@ unmap
        die("index file corrupt");
  }
  
 +int is_index_unborn(struct index_state *istate)
 +{
 +      return (!istate->cache_nr && !istate->alloc && !istate->timestamp.sec);
 +}
 +
  int discard_index(struct index_state *istate)
  {
        istate->cache_nr = 0;
        istate->cache_changed = 0;
 -      istate->timestamp = 0;
 +      istate->timestamp.sec = 0;
 +      istate->timestamp.nsec = 0;
 +      istate->name_hash_initialized = 0;
 +      free_hash(&istate->name_hash);
        cache_tree_free(&(istate->cache_tree));
        free(istate->alloc);
        istate->alloc = NULL;
 +      istate->initialized = 0;
  
        /* no need to throw away allocated active_cache */
        return 0;
  }
  
 +int unmerged_index(const struct index_state *istate)
 +{
 +      int i;
 +      for (i = 0; i < istate->cache_nr; i++) {
 +              if (ce_stage(istate->cache[i]))
 +                      return 1;
 +      }
 +      return 0;
 +}
 +
  #define WRITE_BUFFER_SIZE 8192
  static unsigned char write_buffer[WRITE_BUFFER_SIZE];
  static unsigned long write_buffer_len;
  
 -static int ce_write_flush(SHA_CTX *context, int fd)
 +static int ce_write_flush(git_SHA_CTX *context, int fd)
  {
        unsigned int buffered = write_buffer_len;
        if (buffered) {
 -              SHA1_Update(context, write_buffer, buffered);
 +              git_SHA1_Update(context, write_buffer, buffered);
                if (write_in_full(fd, write_buffer, buffered) != buffered)
                        return -1;
                write_buffer_len = 0;
        return 0;
  }
  
 -static int ce_write(SHA_CTX *context, int fd, void *data, unsigned int len)
 +static int ce_write(git_SHA_CTX *context, int fd, void *data, unsigned int len)
  {
        while (len) {
                unsigned int buffered = write_buffer_len;
        return 0;
  }
  
 -static int write_index_ext_header(SHA_CTX *context, int fd,
 +static int write_index_ext_header(git_SHA_CTX *context, int fd,
                                  unsigned int ext, unsigned int sz)
  {
        ext = htonl(ext);
                (ce_write(context, fd, &sz, 4) < 0)) ? -1 : 0;
  }
  
 -static int ce_flush(SHA_CTX *context, int fd)
 +static int ce_flush(git_SHA_CTX *context, int fd)
  {
        unsigned int left = write_buffer_len;
  
        if (left) {
                write_buffer_len = 0;
 -              SHA1_Update(context, write_buffer, left);
 +              git_SHA1_Update(context, write_buffer, left);
        }
  
        /* Flush first if not enough space for SHA1 signature */
        }
  
        /* Append the SHA1 signature at the end */
 -      SHA1_Final(write_buffer + left, context);
 +      git_SHA1_Final(write_buffer + left, context);
        left += 20;
        return (write_in_full(fd, write_buffer, left) != left) ? -1 : 0;
  }
@@@ -1450,11 -1125,6 +1450,11 @@@ static void ce_smudge_racily_clean_entr
         * falsely clean entry due to touch-update-touch race, so we leave
         * everything else as they are.  We are called for entries whose
         * ce_mtime match the index file mtime.
 +       *
 +       * Note that this actually does not do much for gitlinks, for
 +       * which ce_match_stat_basic() always goes to the actual
 +       * contents.  The caller checks with is_racy_timestamp() which
 +       * always says "no" for gitlinks, so we are not called for them ;-)
         */
        struct stat st;
  
        }
  }
  
 -static int ce_write_entry(SHA_CTX *c, int fd, struct cache_entry *ce)
 +static int ce_write_entry(git_SHA_CTX *c, int fd, struct cache_entry *ce)
  {
        int size = ondisk_ce_size(ce);
        struct ondisk_cache_entry *ondisk = xcalloc(1, size);
 +      char *name;
  
 -      ondisk->ctime.sec = htonl(ce->ce_ctime);
 -      ondisk->ctime.nsec = 0;
 -      ondisk->mtime.sec = htonl(ce->ce_mtime);
 -      ondisk->mtime.nsec = 0;
 +      ondisk->ctime.sec = htonl(ce->ce_ctime.sec);
 +      ondisk->mtime.sec = htonl(ce->ce_mtime.sec);
 +      ondisk->ctime.nsec = htonl(ce->ce_ctime.nsec);
 +      ondisk->mtime.nsec = htonl(ce->ce_mtime.nsec);
        ondisk->dev  = htonl(ce->ce_dev);
        ondisk->ino  = htonl(ce->ce_ino);
        ondisk->mode = htonl(ce->ce_mode);
        ondisk->size = htonl(ce->ce_size);
        hashcpy(ondisk->sha1, ce->sha1);
        ondisk->flags = htons(ce->ce_flags);
 -      memcpy(ondisk->name, ce->name, ce_namelen(ce));
 +      if (ce->ce_flags & CE_EXTENDED) {
 +              struct ondisk_cache_entry_extended *ondisk2;
 +              ondisk2 = (struct ondisk_cache_entry_extended *)ondisk;
 +              ondisk2->flags2 = htons((ce->ce_flags & CE_EXTENDED_FLAGS) >> 16);
 +              name = ondisk2->name;
 +      }
 +      else
 +              name = ondisk->name;
 +      memcpy(name, ce->name, ce_namelen(ce));
  
        return ce_write(c, fd, ondisk, size);
  }
  
  int write_index(struct index_state *istate, int newfd)
  {
 -      SHA_CTX c;
 +      git_SHA_CTX c;
        struct cache_header hdr;
 -      int i, err, removed;
 +      int i, err, removed, extended;
        struct cache_entry **cache = istate->cache;
        int entries = istate->cache_nr;
 +      struct stat st;
  
 -      for (i = removed = 0; i < entries; i++)
 +      for (i = removed = extended = 0; i < entries; i++) {
                if (cache[i]->ce_flags & CE_REMOVE)
                        removed++;
  
 +              /* reduce extended entries if possible */
 +              cache[i]->ce_flags &= ~CE_EXTENDED;
 +              if (cache[i]->ce_flags & CE_EXTENDED_FLAGS) {
 +                      extended++;
 +                      cache[i]->ce_flags |= CE_EXTENDED;
 +              }
 +      }
 +
        hdr.hdr_signature = htonl(CACHE_SIGNATURE);
 -      hdr.hdr_version = htonl(2);
 +      /* for extended format, increase version so older git won't try to read it */
 +      hdr.hdr_version = htonl(extended ? 3 : 2);
        hdr.hdr_entries = htonl(entries - removed);
  
 -      SHA1_Init(&c);
 +      git_SHA1_Init(&c);
        if (ce_write(&c, newfd, &hdr, sizeof(hdr)) < 0)
                return -1;
  
                struct cache_entry *ce = cache[i];
                if (ce->ce_flags & CE_REMOVE)
                        continue;
 -              if (istate->timestamp &&
 -                  istate->timestamp <= ce->ce_mtime)
 +              if (!ce_uptodate(ce) && is_racy_timestamp(istate, ce))
                        ce_smudge_racily_clean_entry(ce);
                if (ce_write_entry(&c, newfd, ce) < 0)
                        return -1;
  
        /* Write extension data here */
        if (istate->cache_tree) {
 -              struct strbuf sb;
 +              struct strbuf sb = STRBUF_INIT;
  
 -              strbuf_init(&sb, 0);
                cache_tree_write(&sb, istate->cache_tree);
                err = write_index_ext_header(&c, newfd, CACHE_EXT_TREE, sb.len) < 0
                        || ce_write(&c, newfd, sb.buf, sb.len) < 0;
                if (err)
                        return -1;
        }
 -      return ce_flush(&c, newfd);
 +
 +      if (ce_flush(&c, newfd) || fstat(newfd, &st))
 +              return -1;
 +      istate->timestamp.sec = (unsigned int)st.st_mtime;
 +      istate->timestamp.nsec = ST_MTIME_NSEC(st);
 +      return 0;
 +}
 +
 +/*
 + * Read the index file that is potentially unmerged into given
 + * index_state, dropping any unmerged entries.  Returns true if
 + * the index is unmerged.  Callers who want to refuse to work
 + * from an unmerged state can call this and check its return value,
 + * instead of calling read_cache().
 + */
 +int read_index_unmerged(struct index_state *istate)
 +{
 +      int i;
 +      int unmerged = 0;
 +
 +      read_index(istate);
 +      for (i = 0; i < istate->cache_nr; i++) {
 +              struct cache_entry *ce = istate->cache[i];
 +              struct cache_entry *new_ce;
 +              int size, len;
 +
 +              if (!ce_stage(ce))
 +                      continue;
 +              unmerged = 1;
 +              len = strlen(ce->name);
 +              size = cache_entry_size(len);
 +              new_ce = xcalloc(1, size);
 +              hashcpy(new_ce->sha1, ce->sha1);
 +              memcpy(new_ce->name, ce->name, len);
 +              new_ce->ce_flags = create_ce_flags(len, 0);
 +              new_ce->ce_mode = ce->ce_mode;
 +              if (add_index_entry(istate, new_ce, 0))
 +                      return error("%s: cannot drop to stage #0",
 +                                   ce->name);
 +              i = index_name_pos(istate, new_ce->name, len);
 +      }
 +      return unmerged;
 +}
 +
 +struct update_callback_data
 +{
 +      int flags;
 +      int add_errors;
 +};
 +
 +static void update_callback(struct diff_queue_struct *q,
 +                          struct diff_options *opt, void *cbdata)
 +{
 +      int i;
 +      struct update_callback_data *data = cbdata;
 +
 +      for (i = 0; i < q->nr; i++) {
 +              struct diff_filepair *p = q->queue[i];
 +              const char *path = p->one->path;
 +              switch (p->status) {
 +              default:
 +                      die("unexpected diff status %c", p->status);
 +              case DIFF_STATUS_UNMERGED:
 +                      /*
 +                       * ADD_CACHE_IGNORE_REMOVAL is unset if "git
 +                       * add -u" is calling us, In such a case, a
 +                       * missing work tree file needs to be removed
 +                       * if there is an unmerged entry at stage #2,
 +                       * but such a diff record is followed by
 +                       * another with DIFF_STATUS_DELETED (and if
 +                       * there is no stage #2, we won't see DELETED
 +                       * nor MODIFIED).  We can simply continue
 +                       * either way.
 +                       */
 +                      if (!(data->flags & ADD_CACHE_IGNORE_REMOVAL))
 +                              continue;
 +                      /*
 +                       * Otherwise, it is "git add path" is asking
 +                       * to explicitly add it; we fall through.  A
 +                       * missing work tree file is an error and is
 +                       * caught by add_file_to_index() in such a
 +                       * case.
 +                       */
 +              case DIFF_STATUS_MODIFIED:
 +              case DIFF_STATUS_TYPE_CHANGED:
 +                      if (add_file_to_index(&the_index, path, data->flags)) {
 +                              if (!(data->flags & ADD_CACHE_IGNORE_ERRORS))
 +                                      die("updating files failed");
 +                              data->add_errors++;
 +                      }
 +                      break;
 +              case DIFF_STATUS_DELETED:
 +                      if (data->flags & ADD_CACHE_IGNORE_REMOVAL)
 +                              break;
 +                      if (!(data->flags & ADD_CACHE_PRETEND))
 +                              remove_file_from_index(&the_index, path);
 +                      if (data->flags & (ADD_CACHE_PRETEND|ADD_CACHE_VERBOSE))
 +                              printf("remove '%s'\n", path);
 +                      break;
 +              }
 +      }
 +}
 +
 +int add_files_to_cache(const char *prefix, const char **pathspec, int flags)
 +{
 +      struct update_callback_data data;
 +      struct rev_info rev;
 +      init_revisions(&rev, prefix);
 +      setup_revisions(0, NULL, &rev, NULL);
 +      rev.prune_data = pathspec;
 +      rev.diffopt.output_format = DIFF_FORMAT_CALLBACK;
 +      rev.diffopt.format_callback = update_callback;
 +      data.flags = flags;
 +      data.add_errors = 0;
 +      rev.diffopt.format_callback_data = &data;
 +      run_diff_files(&rev, DIFF_RACY_IS_MODIFIED);
 +      return !!data.add_errors;
 +}
 +
 +/*
 + * Returns 1 if the path is an "other" path with respect to
 + * the index; that is, the path is not mentioned in the index at all,
 + * either as a file, a directory with some files in the index,
 + * or as an unmerged entry.
 + *
 + * We helpfully remove a trailing "/" from directories so that
 + * the output of read_directory can be used as-is.
 + */
 +int index_name_is_other(const struct index_state *istate, const char *name,
 +              int namelen)
 +{
 +      int pos;
 +      if (namelen && name[namelen - 1] == '/')
 +              namelen--;
 +      pos = index_name_pos(istate, name, namelen);
 +      if (0 <= pos)
 +              return 0;       /* exact match */
 +      pos = -pos - 1;
 +      if (pos < istate->cache_nr) {
 +              struct cache_entry *ce = istate->cache[pos];
 +              if (ce_namelen(ce) == namelen &&
 +                  !memcmp(ce->name, name, namelen))
 +                      return 0; /* Yup, this one exists unmerged */
 +      }
 +      return 1;
  }